Fix build system to honour user flags.

--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,10 +1,4 @@
-hello !!!
-
-CC = gcc #cc
-CFLAGS = -O4 -fomit-frame-pointer -Wall -static
-# CFLAGS = -Wall
-# CFLAGS = -g -Wall
-# CFLAGS = -pg -Wall -fprofile-arcs -static
+CC ?= gcc
 LIBS = -lm
 
 PROG = PHYML
@@ -23,39 +17,39 @@
 
 
 $(EXEC) : $(OBJS)
-	$(CC) -o $(EXEC) $(OBJS) $(LIBS) $(CFLAGS)
+	$(CC) $(CFLAGS) $(LDFLAGS) -o $(EXEC) $(OBJS) $(LIBS)
 
 clean :
 	@rm *.o
 ######################################################################################################
 
 eigen.o : eigen.c eigen.h
-	$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAG) -c eigen.c
+	$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAG) $(CPPFLAGS) -c eigen.c
 
 simu.o : simu.c simu.h
-	$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAG) -c simu.c
+	$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAG) $(CPPFLAGS) -c simu.c
 
 lk.o : lk.c lk.h
-	$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAG) -c lk.c
+	$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAG) $(CPPFLAGS) -c lk.c
 
 utilities.o : utilities.c utilities.h
-	$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAG) -c utilities.c
+	$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAG) $(CPPFLAGS) -c utilities.c
 
 optimiz.o : optimiz.c optimiz.h
-	$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAG) -c optimiz.c
+	$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAG) $(CPPFLAGS) -c optimiz.c
 
 bionj.o : bionj.c bionj.h
-	$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAG) -c bionj.c
+	$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAG) $(CPPFLAGS) -c bionj.c
 
 main.o : main.c
-	$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAG) -c main.c
+	$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAG) $(CPPFLAGS) -c main.c
 
 models.o : models.c models.h
-	$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAG) -c models.c
+	$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAG) $(CPPFLAGS) -c models.c
 
 free.o : free.c free.h
-	$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAG) -c free.c
+	$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAG) $(CPPFLAGS) -c free.c
 
 options.o : options.c options.h
-	$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAG) -c options.c
+	$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAG) $(CPPFLAGS) -c options.c